Aikojen kuluessa ovat Välikylän koulun vanhat asiapaperit kadonneet, niin että koulutoiminnan ensimmäisiltä vuosikymmeniltä on vain hajanaisia tietoja. 1896 oli kuntakokous päättänyt koulujen perustamisesta suurimmille sivukylille. Välikylällä koulutoiminta lienee päässyt alkuun vuonna 1897, sillä ensimmäiset päästötodistukset on annettu 1901 kahdelle oppilaalle.
Valtionavun ehtona oli oman koulutalon rakentaminen. Kuntakokous valitsi Välikylän koululle rakennustoimikuntaan Paavali Niskasen, Jaakko Vuolteen, Matti Taanilan, Johan Ypyän, Matti Kiviniemen ja Leander Haikaran.
Tontiksi hankittiin yhden hehtaarin ala Ypyän perintömaalta Mäen talon vierestä herastuomari Paavali Niskaselta. Koulun piirustuksiksi valittiin mallipiirustus numero 8.
Ensimmäisessä piirijaossa Välikylän koulupiiriin luettiin myös Junttila. Sieltä oli halukkailla mahdollisuus käydä myös kirkonkylän koulua, jonne oli paremmat tieyhteydet.
1900-luvun alussa oppilasmäärä vaihteli 25:stä 40:een, tavallisesti jo alkuvaiheessa koulunkäynnin lopetti kymmenisen oppilasta. Keväällä ja syksyllä pidettiin pari viikkoa pienten lasten koulua. Varsinainen yläkoulu pääsi alkamaan vasta syyskuun lopulla, sillä aikaisemmin eivät lapset maatalouden syyskiireiden takia kouluun ehtineet.
Opettajien päiväkirjat vuodesta 1904 lähtien ovat säilyneet, ja ne kertovat koulunpidon arkisesta aherruksesta. Vuoden aikana opittiin monenlaista, ja opittu testattiin tutkintopäivänä. Tutkintopäivä vuonna 1905 oli ohjelmaltaan seuraava: aamulla ensin rukoukset, sitten kuulusteltiin Suomen vesistöt, asukkaat, hallinto, uskonto, elinkeinot ja sivistys; seuraavalla tunnilla sulku-, päätös- ja korkolaskut ja viimeisellä tunnilla lauseenrakenne, välimerkit ja lauseenjäsennys. Sitten laulettiin laulu ja jaettiin todistukset.
Koulu toimi aluksi yksiopettajaisena, mutta 1922 saatiin alakouluun oma opettaja, joka aluksi toimi yhteisenä Ypyän ja Padingin kouluilla. Välikylän koulupiiristä oli erotettu 1918 Padingin koulupiiri, ja samalla Välikylän koulun nimi muuttui Ypyän kouluksi. Koulupiirin jakaminen helpotti tilanahtautta. Alakoulun opettaja sai luokakseen veistotilan. Oppilasmäärän yhä kasvaessa jouduttiin vuokraamaan koululle huoneita kyläkunnalta: 1930-luvulla Kusti Järvelältä ja sotien jälkeen Juho Päivärinnalta.
Osa Ypyän koulupiirin oppilaista siirtyi 1922 perustettuun Haikaran kouluun. Ypyän koulupiiri pieneni vielä 1943, kun Junnon koulu perustettiin. Ypyän vanhaa koulurakennusta laajennettiin sekä pihalle rakennettiin opettajille asuinrakennus, joka valmistui 1951.
Ypyän, kuten muidenkin syrjäisten koulujen, ongelmana oli opettajien vaihtuvuus ja epäpätevyys. Erityisen vaikeaa on ollut löytää pysyvää miesopettajaa. Seuraavat opettajat ovat toimineet Ypyän koulussa: Anna Toivonen 1902, Liisa Syrjälä 1902—1905, Anna Soldan 1905—1908, Betti Kiiskilä 1908—1909, Fanny Kulju 1909—1910, Aina Jutila 1921—1922, Elisabet Fränti 1922—1923, Aleksandra Ahola 1922—1923, Juho Pyrhönen 1923—1928, Anni Muilu 1923—1932, Anna Pyrhönen 1923—1943, Juho Lilja 1928—1929, Liisa Knuuti 1929—1935, Arvi Vähäsalo 1936—1937, Väinö Venho 1937—1938, Ella Ylitalo 1938—1941, Alli Helminen 1939—1940, Lauri Hirn 1939—1941, Aili Tammi 1940—1941, Eeva Okkonen 1940—1941, Lassi Okkonen 1941—1943, Selma Kujala 1941—1947, Mirjam Hamido 1943—1944, Laina Hantula vuodesta 1945 eläkkeelle siirtymiseensä saakka, Lyyli Järvelä 1947 (syksy), Leonard Japisson 1947—1948, Aila Pietikäinen 1948 (kevät), Niilo Koskela 1948 (syksy), Hilda Takalo 1948—1949, Marjatta Peltonen 1949—1951, Signe Saviluoto 1949—1967, Timo Koski 1951—1952, Eine Haikonen 1952—1953, Lea Iiponen 1953—1954, Kaija Kupiainen 1955—1956, Kauko Ainasoja 1956—1957, Hilkka Käki 1958—1959, Paavo Kupsala 1959—1960, Arttu Ylimäki 1959—1975, Kerttu Nurmesniemi 1968—1970, Jukka-Pekka Säily 1975—1976, Hannu Tähtelä 1976—1979. Asko Ypyä tuli Ypyän koulun opettajaksi vuonna 1979. Luettelosta puuttuu 1910-luvun opettajat, joista ainakin Ilmari Simstedt toimi jonkun aikaa ennen vuotta 1917, jolloin hän lopetti kokonaan koulunpidon lähteäkseen sotaan.
1960-luvulla, kun oppilasmäärät yleisesti laskivat, joutui Ypyän ja Junnon koulujen kohtalo keskustelun alaiseksi. 1967 oli Ypyässä oppilaita 38 ja Junnossa 18. Ajateltiin, että piirit yhdistämällä saataisiin toimivampi kouluyksikkö. Ongelmaksi tuli tilakysymys. Ypyän koulu oli huonokuntoinen, mutta keskeisellä paikalla, minkä vuoksi koulunpitoa siellä jatkettiin Junnon koulun lopettaessa toimintansa. Ratkaisu ei kuitenkaan tuonut sopua kyläkuntien välille, vaan Junnon oppilaat kieltäytyivät käymästä Ypyän koulua jopa lakolla vaatimuksiaan tehostaen. Tilannetta rauhoitti Junnon oppilaiden kuljetus Haikaran kouluun.
Vuonna 2006 Ypyän koulusta tuli taas Välikylän koulu. Padingin koulupiiri oli lakkautettu viisi vuotta aikaisemmin.